Poborský bắt đầu chơi chuyên nghiệp trong các đội S.K. Dynamo České Budějovice, FK Viktoria Žižkov và SK Slavia Praha (mùa mà cầu thủ Patrik Berger chuyển sang chơi cho đội Borussia Dortmund của Đức).

Tháng 7 năm 1996, Poborský ký hợp đồng chơi cho đội Manchester United của Anh, nhưng chỉ chơi trên sân Old Trafford một mùa rưỡi, vì lúc đó cầu thủ David Beckham của đội này đang trở thành ngôi sao. Tháng Giêng năm 1998, anh rời M.U. sang chơi cho Câu lạc bộ Benfica (Sport Lisboa e Benfica) của Bồ Đào Nha, chơi chung với cầu thủ João Vieira Pinto, và được các người hâm mộ yêu thích.

Tháng Giêng năm 2001, Poborský chuyển sang chơi cho câu lạc bộ Lazio của Ý. Tháng 7 năm 2002, anh trở về quê nhà, ký hợp đồng chơi cho đội AC Sparta Praha. Tháng Giêng năm 2006, anh trở lại đội cũ ban đầu S.K. Dynamo České Budějovice, lúc này đang chơi ở hạng 2 và giúp đội trở lại hạng nhất (sau trận đấu với một đội cũ khác là Slavia Praha, ngày 28.5.2007).